สิ่งสำคัญประการหนึ่งในการจัดการกับการติดเชื้อที่เกิดขึ้นใหม่คือการระบุห่วงโซ่ของการแพร่เชื้อและกำหนดเคสให้กับกลุ่มของการติดเชื้อ กรณีตัวอย่างคือ Zwelinzima Vavi หัวหน้าสหภาพแรงงานของแอฟริกาใต้ ซึ่งใช้เวลาสองสามวันในโรงพยาบาลด้วยโรคไวรัสโคโรนาสายพันธุ์ใหม่ เขาระบุว่าเขา “ไม่รู้” ว่าตัวเองติดเชื้อไวรัสที่ไหน และกำลังตรวจสอบประวัติการเดินทางของเขาเพื่อหาเบาะแสประสบการณ์นี้ไม่ใช่เรื่องปกติ และคงจะเป็นเช่นนั้นสำหรับชาวแอฟริกาใต้ที่ใช้ระบบขนส่งสาธารณะ
และอาศัยอยู่ในสถานการณ์ที่แออัด เพื่อให้แน่ใจว่านักวิทยาศาสตร์
สามารถติดตามการติดต่อของผู้คนได้ จึงจำเป็นต้องมีระบบการเฝ้าระวังโรคที่รัดกุมขึ้น ซึ่งเป็นระบบที่ใช้การจัดลำดับจีโนม
ลำดับไวรัส SARS-CoV-2 สองชุดแรกจากทวีปแอฟริกาเผยแพร่โดยACEGIDในเมือง Ede ประเทศไนจีเรีย และINRBในเมืองกินชาซา สาธารณรัฐประชาธิปไตยคองโก เมื่อต้นเดือนมีนาคม ห้องปฏิบัติการเหล่านี้มีบทบาทสำคัญในการวิจัยและต่อสู้กับโรคอีโบลา ด้วยการเชื่อมโยงงานวิจัยที่แน่นแฟ้นไปยังสหรัฐอเมริกา พวกเขาเป็นตัวแทนของทั้งเรื่องราวความสำเร็จของแอฟริกาและด่านหน้าของระบอบการปกครอง “ความมั่นคงด้านสุขภาพ” ที่มุ่งเน้นไปที่เชื้อโรคที่เกิดขึ้นใหม่ “ที่นั่น” (ในแอฟริกา) ซึ่งอาจคุกคามชีวิต “ที่นี่” (ในสหรัฐอเมริกา) แบบจำลองความปลอดภัยด้านสุขภาพทั่วโลกขึ้นอยู่กับกระแสของโรคนี้ อย่างไรก็ตาม COVID-19 ได้ย้อนกลับการเล่าเรื่อง
สหรัฐอเมริกาและยุโรป แทนที่จะเป็นประเทศในแอฟริกา เป็นศูนย์กลางของการแพร่ระบาด หากแบบจำลองความมั่นคงด้านสุขภาพทั่วโลกตรวจสอบวิถีของโรคตามเครือข่ายการแลกเปลี่ยน แบบจำลองจะทำงานตามที่ออกแบบไว้เป็นส่วนใหญ่ มีการแบ่งปันข้อมูลและเทคนิค โดยเฉพาะอย่างยิ่งระหว่างนักวิทยาศาสตร์ตะวันตกและหน่วยงานด้านสุขภาพ ในรูปแบบที่ไม่เคยมีมาก่อนนับตั้งแต่ต้นปี 2563
รับข่าวสารของคุณจากผู้ที่รู้ว่าพวกเขากำลังพูดถึงอะไร
ในแอฟริกาใต้ สถาบันชีวสารสนเทศแห่งชาติ ( SANBI ) ได้ร่วมมือกับสถาบันโรคติดต่อแห่งชาติ ( NICD ) เพื่อผลิตจีโนมไวรัส SARS-CoV-2 ตัวแรกที่เก็บรวบรวมในแอฟริกาใต้ หลังจากนั้นไม่นาน Kwazulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform ( KRISP ) ก็ได้เผยแพร่จีโนมเพิ่มเติมอีก 5 จีโนม
ความแปรผันที่จับได้ในจีโนมเหล่านี้ เมื่อเปรียบเทียบกับจีโนมที่สุ่ม
ตัวอย่างจากที่อื่น ให้ลายนิ้วมือที่อาจเกี่ยวข้องกับไวรัสเฉพาะ และดังนั้น ผู้ป่วยที่มีกลุ่มการแพร่เชื้อเฉพาะกลุ่ม
การใช้ลายนิ้วมือชนิดนี้เป็นครั้งแรก หรือที่เรียกกันอย่างเป็นทางการว่า ระบาดวิทยาจีโนม คือการติดตามแหล่งที่มาของเชื้อแอนแทรกซ์ที่ใช้ในการโจมตีด้วยจดหมายด้วยโรคแอนแทรกซ์ในปี 2544ในสหรัฐอเมริกา ในแอฟริกาใต้มีการใช้เทคนิคที่คล้ายคลึงกันในการระบุแหล่งที่มาของการระบาดของโรคลิสเท อริโอซิสในปี 2560-2561
ทั่วโลก เทคนิคการเฝ้าระวังจีโนมได้รับการพิสูจน์แล้วว่ามีประโยชน์ในการติดตามการแพร่กระจายของ COVID-19 และแอฟริกาใต้อยู่ในสถานะที่ดีที่จะนำมาใช้ในการตอบสนองต่อระบบสาธารณสุข
มันทำงานอย่างไร
จีโนมทั้งหกของ SARS-CoV-2 ที่ผลิตในแอฟริกาใต้จนถึงปัจจุบันได้ถูกส่งไปยัง ที่เก็บข้อมูล GISAIDและจากที่นั่นรวมอยู่ในแพลตฟอร์มNextstrain Nextstrain ใช้ทั้งข้อมูลลำดับและข้อมูลเมตาของตัวอย่างเพื่อสร้างแผนผังสายวิวัฒนาการและแผนที่การแพร่กระจายทั่วโลกของไวรัส รูปที่ 1 แสดงต้นไม้สายวิวัฒนาการที่มีการเน้นลำดับของแอฟริกาและโดยเฉพาะอย่างยิ่งในแอฟริกาใต้
ในการอ่านแผนผังสายวิวัฒนาการ โปรดจำไว้ว่าไวรัส SARS-CoV-2 มีรหัสพันธุกรรมประมาณ 29,000 ตัวอักษรของ RNA RNA นี้จำเป็นต่อการอธิบายโปรตีนของไวรัส และมีการทำซ้ำหลายล้านครั้งเมื่อไวรัสแพร่กระจายภายในตัวบุคคลและส่งต่อไปยังโฮสต์ใหม่ ในขณะที่ SARS-CoV-2 ได้รับความช่วยเหลือในการจำลองแบบโดยเอกโซนิวคลีเอส “พิสูจน์อักษร” การกลายพันธุ์สะสมในไวรัสในอัตราประมาณ 0.8×10 3ต่อตำแหน่งนิวคลีโอไทด์ต่อปี
การกลายพันธุ์เหล่านี้อาจเกี่ยวข้องกับการเพิ่ม การลบ หรือการจัดเรียงส่วนของลำดับจีโนมใหม่ แต่การแปรผันของนิวคลีโอไทด์เดี่ยว – การเปลี่ยนแปลง เช่น จากกัวนีน (G) เป็นไซโตซีน (C) เป็นข้อมูลที่ดีที่สุดสำหรับเทคนิคสายวิวัฒนาการในปัจจุบัน
วิวัฒนาการที่แสดงโดยกลุ่มชาติพันธุ์ Nextstrain ทั้งหมดพิจารณาโดยคำนึงถึงลำดับ “อ้างอิง” ของ SARS-CoV-2 ซึ่งได้มาจากลำดับที่รวบรวมเมื่อวันที่ 26 ธันวาคม 2019 ในเมืองหวู่ฮั่น ประเทศจีน ลำดับ R03006-2 ของแอฟริกาใต้แตกต่างจากลำดับอ้างอิงที่หกตำแหน่งที่มีความคล้ายคลึงกับลำดับไวรัสที่รวบรวมในยุโรป
แม้ว่านี่จะเป็นสัญญาณที่ค่อนข้างเจียมเนื้อเจียมตัวและต้องไม่ถูกตีความมากเกินไป แต่ก็เป็นที่ชัดเจนจากต้นไม้สายวิวัฒนาการว่าลำดับไวรัสของแอฟริกาใต้พบในสี่แห่งที่แตกต่างกันเกี่ยวกับการกระจายของไวรัสทั่วโลก สิ่งนี้บ่งชี้ว่ามีการนำเข้า COVID-19 เข้ามาในประเทศหลายครั้ง
สถานการณ์ของ R03006-2, KRISP_011 และ KRISP_007 แยกแยะได้ยากขึ้น: สิ่งเหล่านี้เป็นส่วนหนึ่งของสายส่งกำลังหรือไม่ รูปที่ 2 นำเสนอการมองใกล้
credit: vwgrouplitigation.com
redemptionreg.com
idiotcollective.com
careyrockland.com
southernflattrackleague.com
mantasdemudanzas.com
newyorklovesmountains.org
painkillerawareness.org
sissidebeauregard.com
chucklebrain.com
axisbanklogin.net
coloquiosdelapuntadelamona.org
klasaa.net
